Fyzicky tvoří Egypt východní část Sahary. Je tvořen vysoko položenou tabulí, rozdělenou údolím Nilu na západní část, tvořenou Libyjskou pouští a východní část, tvořenou Arabskou pouští. Podložím tabule je většinou rula a žula. Na jihu, na egyptsko-libyjských hranicích leží masív Džabal Abenat, s nejvyšším bodem, 1934 metrů. Libyjskou poušť tvoří většinou pískové duny, místy je kamenitá skalní poušť. Na severu libyjské pouště se v západo-východním směru nachází dlouhý úzký pruh proláklin, z nichž největší je Kattára (20 000 km²) s nejnižším bodem −137 metrů. Na pravé straně Nilu pokračuje Sahara Arabskou pouští až k Rudému moři, podél kterého vystupuje řetěz hor z žuly a porfyru, nejvyšší hora zde je Šajid. Charakteristické pro tuto oblast jsou suchá údolí, vádí, kterými protéká značné množství vody po občasných deštích. Na jihu přechází Arabská poušť v Nubijskou poušť. K Egyptu náleží též Sinajský poloostrov, ohraničený Suezským a Akabským zálivem. Sinajský poloostrov již patří geograficky k Asii a leží zde nejvyšší hora Egypta, Hora sv. Kateřiny (Gebel Katherína) vysoká 2642 metrů nad mořem.